Diferenças entre edições de "Gráfico de Ramachandran"

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[[Ficheiro:Dihedrals.png|right|thumb|300px|Uma [[ligação peptídica]] tem dois graus de liberdade: os ângulos diedros chamados φ e ψ por Ramachandran.]]
O '''Gráfico de Ramachandran''', ou '''Diagrama de Ramachandran''' ou '''[φ,ψ] plot''', é um gráfico da [[bioquímica]] que representa todas as combinações possíveis de [[Ângulo diédrico|ângulos diédricos]] Ψ (psi) versus os φ (phi) nos [[Aminoácido|aminoácidosaminoácido]]s de um polipeptídeo, as combinações mais estáveis de de ângulos C alfa-N e C alfa-C,<ref name=":0">{{Citar web|url=http://www1.ci.uc.pt/pessoal/manolo/ramachandran.html|titulo=O mito do gráfico de Ramachandran|data=|acessodata=2018-12-27|obra=Universidade de Coimbra - UC|publicado=|ultimo=|primeiro=|autor=Manuel J. Matos}}</ref> permitindo determinar a possível estrutura secundária da biomolécula [[peptídeo]] (formada pela [[Ligação química|ligação]] de dois ou mais aminoácidos) e a forma final ([[Conformação nativa|conformação]]) das [[estrutura da proteína|estruturas das proteínas]].<ref>{{citar periódico|ano=1963|título=Stereochemistry of polypeptide chain configurations|url=|jornal=J. Mol. Biol.|volume=7|páginas=95–9|doi=|pmid=13990617|autor=RAMACHANDRAN GN, RAMAKRISHNAN C, SASISEKHARAN V|número=|mês=Julho}}</ref> Este gráfico foi criado pela equipe de bioquímicos [[Indianos]] formado por: [[:en:G. N. Ramachandran|Gopalasamudram Ramachandran]], Chandrasekaran Ramakrishnan e [[:en:V. Sasisekharan|Viswanathan Sasisekharan]].<ref>{{citar periódico|ultimo=Ramachandran|primeiro=Gopalasamudram Narayanan|ultimo2=Ramakrishnan|primeiro2=Chandrasekaran|ultimo3=Sasisekharan|primeiro3=Viswanathan|data=01/07/1963|título=Stereochemistry of polypeptide chain configurations|titulotrad=Estereoquímica das configurações da cadeia polipeptídica|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022283663800236?via%3Dihub|journal=Journal of Molecular Biology [Jornal de Biologia Molecular]|volume=7|páginas=95–9|doi=10.1016/S0022-2836(63)80023-6|pmid=13990617|acessodata=}}</ref>
 
Para cada resíduo em uma proteína, dois ângulos de torção φ (phi) e ψ (psi) determinam a conformação do esqueleto da proteína. Onde: o ângulo φ para o resíduo r1 é o ângulo diedro formado por quatro átomos: o carbono do grupo carbonilo do resíduo r0, e os átomos N, C<sub>α</sub> e C do resíduo r1; o ângulo ψ é o ângulo diedro formado pelos átomos de N, C<sub>α</sub>, e C do resíduo r1, e o átomo de N do resíduo r2. Em outras palavras: φ define a rotação em torno da ligação C<sub>α</sub>-N do resíduo, e ψ define a rotação em torno da ligação C<sub>α</sub>-C do mesmo resíduo. Um gráfico de Ramachandran é um gráfico de φ versus ψ, com um pequeno símbolo marcando a posição correspondente a φ e ψ para cada resíduo. Este gráfico permite, portanto, aproximar a priori qual será a estrutura secundária do peptídeo, uma vez que existem combinações de ângulos típicos para cada estrutura (α- hélice e folhaβ). A conformação dos péptidos é definida pela atribuição de valores para cada par de cantos Φi, Ψi para cada aminoácido. No segundo quadrante estão as combinações da folhaβ, no terceiro quadrante está a hélice α direita e as curvas ou laços (''loops''); e no primeiro quadrante as combinações da hélice α esquerda.[[Ficheiro:TCage.JPG‎|thumb|400px|Exemplo de como se vê o gráfico de Ramachandran para dois polipeptídeos TCage e Bloop.]]Matemáticamente, um gráfico de Ramachandran é a visualização de uma [[Função matemática|função]] <math>f: \left[-\pi,\pi\right) \times \left[-\pi,\pi\right) \rightarrow \mathbb{R_{{}+{}}}</math>. O [[Domínio (matemática)|domínio]] desta função é o [[Toro (topologia)|toro]], por conseguinte o gráfico convencional de Ramachandran corresponde a uma projeção do toro sobre o plano, resultando em uma vista distorcida e na presença de descontinuidades.