Em 20 de setembro de 1852, o ''Dom Afonso'' partiu para o [[Maranhão]] para limpeza e reparos, sendo comandado nesta ocasião pelo [[Capitãocapitão-tenente|Capitão Tenente]] José Antônio de Siqueira, herói de guerra, atracando em 4 de novembro.<ref name=":2" /> Após que retornou ao Rio de Janeiro. Em 8 de janeiro de 1853, a fragata zarpou a fim de executar uma operação de repressão ao tráfico clandestino de escravos.<ref name=":2" /><ref name=":0" /> No dia 9,<ref name=":3" /> durante sua missão, o navio se encontrava próximo da [[Praia de Massambaba]], a sete milhas da costa, que ficava entre a Ponta do Francês e a Ponta da Salina, a noroeste de Cabo Frio, na [[província do Rio de Janeiro]]. Neste dia, ocorreu uma violenta tempestade que acometeu o ''Dom Afonso'', fazendo-o naufragar, matando o [[Segundosegundo-tenente|2° Tenente]] Antônio Francisco Araújo e duas praças da guarnição. Foi aberto uma investigação contra os oficiais do navio. Nesta, o comandante do Navio [[Capitãocapitão-tenente|Capitão Tenente]] José Antônio de Siqueira e os primeiros-tenentes Cândido de Lemos e Antônio Manuel Fernandes, oficiais de quarto, foram condenados, cada a um, a um ano de prisão e um ano sem qualquer comando na marinha.<ref name=":0" />
