Em 2013, Thompson fez sua estreia no circuito profissional no qualificatório para o ATP 250 de Sydney, onde ele perdeu para o número 81 do mundo Guillermo García-López. Posteriormente, depois de receber um wildcard, ele ganhou sua primeira partida profissional no qualificatório para o Australian Open de 2013 contra o tenista francês Nicolas Renavand. Mas na sequência, ele perdeu na segunda rodada para o norte-americano Ryan Sweeting. Posteriormente, Thompson, então qualificado, fez a segunda rodada do Challenger McDonald's Burnie International perdendo para o australiano John Millman. No restante do ano ele jogou principalmente os torneios Futures, onde fez três finais, sendo que dessas ganhou 2 títulos e foi vice-campeão em outra.[3] Em 15 de dezembro de 2013, Thompson ganhou um wildcard para disputar o Grand Slam do Aberto da Austrália de 2014. Ele terminou 2013 como 320 colocado do ranking da ATP.
Thompson começou 2014 disputando o qualificatório para o ATP 250 de Brisbane, onde perdeu na primeira rodada para o japonês Tatsuma Ito. Em seguida, Thompson perdeu em 5 sets para o número 21 do mundo Jerzy Janowicz na primeira rodada do Aberto da Austrália por 6-1 6-4, 4-6, 2-6 e 1-6 . Em 21 de janeiro, Thompson foi anunciada na equipe australiana da Copa Davis.[4]
Em maio, Thompson fez a semifinal do China International Challenger, que elevou sua classificação para nº 277 do ranking. Em agosto, Thompson fez a sua primeira final em um Challenger, mas perdeu para Chung Hyeon em Banguecoque. Isso aumentou ainda mais o seu ranking para o n° 219. De setembro a novembro, Thompson competiu em oito torneios Challengers na China, EUA, Austrália e Japão. Em dezembro, Thompson ganhou o wildcard para jogar novamente Aberto da Austrália.
Thompson ganhou um wild card para o Aberto da Austrália de 2015, mas perdeu na rodada primeira rodada para João Sousa. Depois, ele então jogou no Hong Kong Challenger e o Challenger McDonald's Burnie International, mas perdeu na primeira rodada em ambos. Em fevereiro, Thompson fez a semifinal do Challenger Launceston antes de jogar em torneios Challenger no Japão e na China. Thompson ganhou seu primeiro título Challenger de Duplas com Benjamin Mitchell em Shimadzu Challenger. Em março, Thompson voltou para a Austrália, onde ele ganhou o título F4 ITF. Em maio, Thompson perdeu na rodada primeira rodada da fase de qualificação para o Torneio de Roland-Garros. Em junho, Thompson voltou-se para a grama onde perdeu na primeira rodada de Manchester Challenger e na fase de qualificação para o Ilkley Challenger. Ele entrou no top 200 mundial no dia 24 agosto, com uma classificação de 193 da ATP. Em outubro, Thompson fez as finais do Ho Chi Minh City e Traralgon Challengers, aumentando ainda mais o seu ranking. Ele terminou o ano como 154 ranking da ATP.
Thompson começou o ano de 2016 na Nova Caledônia, onde fez a semifinal. Em seguida ele recebeu um wild card e disputou o ATP 250 de Sydney, onde ele marcou sua primeira vitória no ATP World Tour, quando seu adversário Martin Klizan desistiu do jogo quando perdia por 6-2 e 4-0.[5] Mas na segunda rodada, Thompson perdeu para o compatriota Bernard Tomic por 2-6 e 2-6. Posteriormente, o tenista brasileiro Thomaz Bellucci, então 37 do mundo, venceu Jordan Thompson em duelo válido pela primeira rodada do Aberto da Austrália, por 3 sets a 0, com parciais de 6-2, 6-3 e 6-2.[6]
Em simples, ele perdeu na primeira rodada para o britânico Kyle Edmund, por 6-4, 6-2.[7]
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Austrália
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