Predefinição:Campeonato Brasileiro de Futebol de 2016 - Série C (fase final)

Em itálico, os times que possuem o mando de campo no primeiro jogo do confronto e em negrito os times classificados.

Quartas-de-final Semifinais Final
 30 de setembro a 9 de outubro  15 a 23 de outubro  29 de outubro e 5 de novembro
                                     
 São Paulo Botafogo-SP 0 0 0  
 Rio Grande do Norte ABC* 0 1 1  
   Rio Grande do Norte ABC 4 0 4  
   São Paulo Guarani 0 6 6  
 Alagoas ASA 3 0 3
 São Paulo Guarani* 1 3 4  
   São Paulo Guarani 1 0 1
   Minas Gerais Boa Esporte 1 3 4
 Rio Grande do Sul Juventude* (gf) 0 1 1  
 Ceará Fortaleza 0 1 1  
   Rio Grande do Sul Juventude 1 1 2
   Minas Gerais Boa Esporte 2 2 4
 Paraíba Botafogo-PB 0 0 0
 Minas Gerais Boa Esporte* 0 1 1

*Classificados à Série B de 2017.