Software para alinhamento estrutural

Esta lista de software para alinhamento estrutural é uma compilação de ferramentas software e portais web utilizados em alinhamentos estruturais de pares ou múltiplos.

Lista de software para alinhamento estruturalEditar

NOME Descrição Classe Tipo Flexível Ligação Autor Ano
MAMMOTH MAtching Molecular Models Obtained from Theory Par No servidor AR. Ortiz 2002
CE/CE-MC Combinatorial Extension -- Monte Carlo Multi No servidor I. Shindyalov 2000
DaliLite Distance Matrix Alignment C-Map Par No servidor L. Holm 1993
VAST Vector Alignment Search Tool SSE Par --- servidor S. Bryant 1996
PrISM Protein Informatics Systems for Modeling SSE Multi --- servidor B. Honig 2000
SSAP Sequential Structure Alignment Program SSE Multi No servidor C. Orengo & W. Taylor 1989
SARF2 Spatial ARrangements of Backbone Fragments SSE Par --- servidor N. Alexandrov 1996
KENOBI/K2 NA SSE Par --- servidor Z. Weng 2000
STAMP STructural Alignment of Multiple Proteins Multi No servidor R. Russell & G. Barton 1992
MASS Multiple Alignment by Secondary Structure SSE Multi --- servidor O. Dror & H. Wolfson 2003
SCALI Structural Core ALIgnment of proteins Seq Par --- servidor C. Bystroff 2004
DEJAVU NA SSE Par --- servidor GJ. Kleywegt 1997
SSM Secondary Structure Matching SSE Multi --- servidor[ligação inativa] E. Krissinel 2003
SHEBA Structural Homology by Environment-Based Alignment Seq Par --- servidor B. Lee 2000
LGA Local-Global Alignment Par --- servidor A. Zemla 2003
POSA Partial Order Structure Alignment Multi servidor Y. Ye & A. Godzik 2005
PyMOL O comando "super" realiza alinhamento 3D independente da sequência Proteína Hybrid No sitio web W. L. DeLano 2007
FATCAT Flexible Structure AlignmenT by Chaining Aligned Fragment Pars Allowing Twists Par servidor Y. Ye & A. Godzik 2003
Matras MArkovian TRAnsition of protein Structure Cα & SSE Par --- NA K. Nishikawa 2000
MAMMOTH-mult MAMMOTH-based multiple structure alignment Multi No servidor D. Lupyan 2005
Protein3Dfit NA C-Map Par --- servidor D. Schomburg 1994
PRIDE PRobaility of IDEntity Par --- servidor S. Pongor 2002
FAST FAST Alignment and Search Tool Par --- servidor J. Zhu 2004
C-BOP Coordinate-Based Organization of Proteins N/A Multi --- servidor E. Sandelin 2005
ProFit Protein least-squares Fitting Multi --- servidor ACR. Martin 1996
TOPOFIT Alinhamento como superposição de volumes comuns em um ponto topomax Par --- servidor VA. Ilyin 2004
MUSTANG MUltiple STructural AligNment AlGorithm Cα & C-Map Multi --- descargar A.S. Konagurthu et al. 2005
URMS Unit-vector RMSD Par --- servidor K. Kedem 2003
LOCK Superposição hierárquica de estruturas de proteínas SSE Par No NA AP. Singh 1997
LOCK 2 Melhoras sobre LOCK SSE Par No descarregar J. Shapiro 2003
CBA Consistency Based Alignment SSE Multi --- descargar J. Ebert 2006
TetraDA Tetrahedral Decomposition Alignment SSE Multi NA J. Roach 2005
STRAP STRucture based Alignment Program Multi --- servidor C. Gille 2006
LOVOALIGN Low Order Value Optimization methods for Structural Alignment Par --- servidor Andreani et al. 2006
GANGSTA Genetic Algorithm for Nonsequential and Gapped STructural Alignment SSE/C-Map Par --- servidor B. Kolbeck et al. 2006
TM-align TM-score based protein structure alignment Par --- sitio web Y. Zhang & J. Skolnick 2005
MatAlign[1] Comparação de estruturas de proteínas por Matrix Alignment C-Map Par --- sítio web Z. Aung & K.L. Tan 2006
Vorolign Alinhamentos de estrutura rápidos usando relações de Voronoi C-map Multi servidor F. Birzele et al. 2007
EXPRESSO Alinhamentos múltiplos de estrutura rápidos usando T-Coffee e Sap Multi --- sítio web C. Notredame et al. 2007
CAALIGN Alinhamento Cα Multi --- sítio web T.J. Oldfield 2007
YAKUSA Coordenadas internas e algoritmo tipo BLAST Par --- sítio web M. Carpentier et al. 2005
CLEMAPS Alinhamentos de alfabetos baseados em conformação Multi --- NA W-M. Zheng 2007
TALI Torsion Angle ALIgnment Par No NA X. Mioa 2006
MolCom NA Geometria Multi --- NA S.D. O'Hearn 2003
MALECON NA Geometria Multi --- NA S. Wodak 2004
FlexProt Flexible Alignment of Protein Structures Par servidor M. Shatsky & H. Wolfson 2002
MultiProt Multiple Alignment of Protein Structures Geometria Multi servidor M. Shatsky & H. Wolfson 2004
CTSS Alinhamentos de estrutura de proteínas usando características geométricas locais Geometria Par --- sítio web T. Can 2004
CURVE NA Geometria Multi No sítio web D. Zhi 2006
Matt Multiple Alignment with Translations and Twists Multi descarregar M. Menke 2008
TopMatch[2] Alinhamentos de estruturas de proteínas e visualização de semelhanças estruturais Par No servidor M. Sippl & M. Wiederstein 2008
SSGS Secondary Structure Guided Superimposition Ca Par No sítio web[ligação inativa] G. Wainreb et al. 2006
Matchprot Comparação de estruturas de proteínas por alinhamentos vizinhos crescentes Par No servidor S. Bhattacharya et al. 2007
UCSF Chimera veja ferramenta MatchMaker e comando "matchmaker" Seq & SSE Multi No sítio web E. Meng et al. 2006
FLASH Fast aLignment Algorithm for finding Structural Homology of proteins SSE Par No NA E.S.C. Shih & M-J Hwang 2003
RAPIDO Rapid Alignment of Protein structures In the presence of Domain mOvements Par servidor R. Mosca & T.R. Schneider 2008
ComSubstruct Alinhamento estrutural baseado em codificação geométrica diferencial Geometria Par sítio web N. Morikawa 2008

Códigos:

  • -- Alinhamento por átomo (Cα) de esqueleto (Backbone Atom (Cα) Alignment);
  • SSE -- Alinhamento de elementos de estrutura secundária (Secondary Structure Elements Alignment);
  • Seq -- Alinhamento baseado em sequência;
  • Par -- Alinhamento de pares (2 estruturas *solo*);
  • Multi -- Alinhamento múltiplo de estruturas;
  • C-Map -- Mapa de contato;

Referências

  1. Aung, Zeyar; Kian-Lee Tan (dezembro de 2006). «MatAlign: Precise protein structure comparison by matrix alignment». Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 4 (6): 1197–216. PMID 17245810. doi:10.1142/s0219720006002417 
  2. Sippl, M.; Wiederstein, M. (2012). «Detection of spatial correlations in protein structures and molecular complexes». Structure. 20: 718–728. PMC 3320710 . PMID 22483118. doi:10.1016/j.str.2012.01.024 

Ver tambémEditar