Ao que consta, a agremiação que tenha ligações mais próximas à atual tenha nascido em 1919 no tempo em que foi criada por um grupo de mineiros. O Glückauf Marga, nome da equipe, ficou ativo até 1925, ano no qual os mineiros decidiram fundar um clube, o FSV Sturm Marga que, por sua vez, foi desativado pelos nazistas, em 1933.
A sociedade foi refundada após o fim da Segunda Guerra Mundial, em 1949, com o nome de Franz Mehring Marga, mudando em 1950 para BSG Aktivist Brieske-Ost. Em 1954, o clube, depois de novamente cambiar de intitulação para SC Aktivist Brieske-Senftenberg, começou a jogar o Campeonato Alemão da Oberliga, a então máxima série do Campeonato da República Democrática Alemã, ficando sempre no meio da classificação. Em 1963 caiu para a 1. Liga, a Segunda Divisão. No ano seguinte o time foi absorvido pelo SC Cottbus, e em 1966, mudou o nome para BSG Energie Cottbus.
Em 1990, logo após a reunificação das duas nações alemãs, o clube foi renomeado com o nome de FC Energie Cottbus, mudando de fato a denominação de "BSG" para "FC".
Após alguns anos na Segunda Divisão na antiga Alemanha Oriental, o Energie começou a revelar-se como um dos times de futebol da parte oriental que puderam competir com as associações mais fortes da antiga Alemanha Ocidental. Depois de cinco anos passados na Regionalliga, a equipe foi promovida em 1997 para a Zweite Bundesliga. Em 2000, chegou a máxima série do futebol alemão, a Bundesliga, na qual permaneceu pelos três campeonatos seguintes. Um papel chave naqueles anos foi desenvolvido por Vasile Miriuta, um meio-campo que contribuiu de modo significativo para a promoção à elite do futebol alemão da equipe de Brandeburgo.
Após ser rebaixado, o clube quase conseguiu sua imediata volta à máxima série. No seu lugar foi promovido o Mainz pelo melhor saldo de gols. O Cottbus conseguiria novamente seu lugar na Bundesliga ao fim da temporada 2005-2006. Desde então obteve duas permanências consecutivas, graças ao 13º e ao 14º lugar respetivamente em 2006-2007, quando estabeleceu o próprio recorde de pontos na Primeira Divisão (41), e em 2007-2008. Na temporada seguinte, evitou o rebaixamento direto graças ao 13º lugar, mas acabou caindo depois de ter perdido as partidas de ida e volta da repescagem contra o Nuremberg.
