O Camaçari foi fundado no dia 8 de novembro de 1968 como Fluminense Futebol Clube, em homenagem ao clube homônimo do Rio e somente em 1989 foi profissionalizado, com o nome Fluminense Futebol Clube de Camaçari. Na época, o presidente do clube era Higino Santana Soares.
Ainda como Fluminense, o clube obteve o vice-campeonato da 2ª divisão de Profissionais do futebol baiano em 1989, perdendo o título em dois empates com o Jacuipense (2x2 em Camaçari e 0x0 em Conceição do Coité. O Fluminense era treinado por Chico Mutriz.
No início da década de 1990, o clube mudou o nome para Camaçari Futebol Clube, conquistando a Segunda Divisão estadual em 1991 e subindo para a divisão principal e sua melhor colocação no Campeonato Baiano, foi em 1998, ao terminar em terceiro lugar, atrás apenas do Bahia e do Vitória.
Em 1999, o clube disputou três competições: o Campeonato Baiano, a Copa do Brasil e a Taça Estado da Bahia. No Campeonato Baiano, ficou em 4º lugar, na Copa do Brasil, eliminou o Paraná Clube na primeira fase e, na segunda fase, perdeu para o Internacional de Porto Alegre. Na Taça Estado da Bahia, foi campeão invicto, disputando 14 jogos, nos quais ganhou 13 e empatou apenas um.
Em 2000, o Camaçari ficou em quarto lugar no Campeonato Baiano. e no ano seguinte, novamente terminou na quarta colocação no certame estadual, tendo o artilheiro do campeonato: Marcos Chaves, o qual marcou 17 gols. Em 2005, foi vice-campeão da chave do interior do Campeonato Baiano e em 2010, o ficou em terceiro lugar no Campeonato Baiano, após eliminação nas semifinais da competição para o Vitória. O clube foi eliminado na primeira fase do Campeonato Brasileiro da Série D.
