Possui, desde sua formação, uma potencial rivalidade com o River Plate da cidade de Carmópolis. Assim, na edição do Sergipão 2013 realizou-se o mais famoso clássico argentino em solo sergipano. O primeiro confronto ocorreu em 6 de maio de 2013, na 5ª rodada da segunda fase do campeonato, com o placar de 0x0. O segundo confronto ocorreu em 20 de abril de 2013, na 14ª rodada da segunda fase do campeonato, com o placar de 2x1 para o River.
As cores, nome e uniforme do time são uma homenagem ao Boca Juniors da Argentina.
Tal como na edição da 2ª divisão de 2011, na edição seguinte da 2ª divisão de 2012, a equipe apresenta uma campanha consistentemente regular, acreditada pela mídia desportiva local como uma das favoritas para a conquista do acesso. No entanto, na fase final do campeonato cai desta última vez nas semi-finais ao empatar em 2 jogos contra o tradicional América da cidade de Propriá.[2]"Não fosse o pênalti cometido e convertido ao final do jogo de ida,[3] as chances de êxito do time teriam sido absolutamente maiores", lamentam os cronistas desportivos locais.[4][5]
Em 2016 , O Presidente do boca entrou com seu novo time na série A2 o Botafogo de Cristinapolis que também pertence ao patrono Gilson Behar conseguiu o tão sonhado acesso à elite do Futebol Sergipano em 2017 .
Em 2022 foi rebaixado no Campeonato Sergipano após terminar na vice lanterna com 4 pontos em 10 jogos.[6]
Em 2011, em virtude de melhores condições de treinamento para a disputa da 2ª divisão do Campeonato Sergipano, a equipe transferiu-se da cidade de Cristinápolis, a qual tradicionalmente até então representava, para Estância, no litoral sul de Sergipe, uma cidade maior e mais próxima da capital Aracaju.[7]
Uma nova mudança em 2021, depois de perder seu maior patrocinador o Boca novamente muda de sede, desta vez volta para sua cidade de origem no sul sergipano. Para o Sergipão 2021 mandará seus jogos no Estádio Geraldo Oliveira.
O Boca Júnior acaba de firmar uma parceria com o grupo empresarial New Corporation, do ramo de importações, sediado em Curitiba e que tem como cartão de visita, o trabalho desenvolvido há um ano, à frente do Paraná Clube.
O projeto tem por iniciativa desenvolver um trabalho de base, de forma técnica e científica, na formação de atletas, investindo nas equipes de base, e garimpar atletas do futebol sergipano.
A princípio foram trazidos, a título de reforço, o treinador Luiz Juresco e cinco atletas profissionais.
A última contratação da equipe para a sequência do Campeonato Sergipano é o meio-campista com passagens por Mirassol, São Paulo e Corinthians, Douglas Amaral. O gerente Marco Gama, que finalizou a negociação, espera pelo sucesso do atleta na competição. Em suas palavras: "O Douglas trata-se de uma excelente aquisição por parte do Boca, e um atleta que vem para acrescentar e qualificar nosso elenco. Além de tudo, por ter sido campeão nos clubes que passou, vem com estrela para nos ajudar no acesso a primeira divisão", reiterou o dirigente.[8]