Na primeira fase, as equipes foram divididas em seis grupos (A, B, C, D, E e F), com os times jogando em turno e returno dentro de seus respectivos grupos. Classificaram-se para a próxima fase os dois primeiros colocados de cada grupo.
Na segunda fase, as equipes foram divididas em dois grupos (E e F), sendo classificadas de 1° a 12° com base no índice técnico. Os times jogaram em dois turnos, de forma semelhante às Séries A e B. No primeiro turno, os times enfrentaram equipes do outro grupo em confrontos de turno único. No segundo turno, os times jogaram dentro do próprio grupo, também em turno único. Ao final do segundo turno, a 1ª colocada de cada grupo classificou-se automaticamente para a Série B do Campeonato Carioca de 2014.
Na terceira fase, os times classificados em 1° lugar enfrentaram-se entre si em um sistema de ida e volta. A equipe melhor classificada ao final dessas duas partidas foi considerada campeã.
Os times que terminaram em 2° e 3° lugar de cada grupo enfrentaram-se com os times dos outros grupos em um sistema de ida e volta. As equipes melhor classificadas ao final dessas partidas conquistaram o acesso à Série B.