A partir desta edição o torneio passou a ocorrer durante toda a temporada (de 23 de janeiro a 29 de novembro),[5] contando assim com 42 semanas, ao invés de 27, como na edição passada. Além disso, houve um acréscimo de seis participantes em relação às edições anteriores, que consequentemente alterou as vagas de alguns países. O Brasil ganhou mais duas vagas, enquanto Argentina, Chile e Colômbia ficaram com uma vaga a mais cada.[6] Outra possível mudança, que levantava a possibilidade de a final passar a ser disputada em jogo único e campo neutro, não foi implementada em 2017.[7]
O novo formato da Libertadores, entretanto, inviabilizou a participação dos times do México na competição por conta das diferenças com o calendário do futebol local.[8] Os clubes mexicanos não participaram do torneio pela primeira vez desde a edição de 1998. Tijuana, América e Chivas Guadalajara estavam classificados para essa edição e representariam o país no torneio.[9] Em 19 participações, três times do México chegaram a decisão da Libertadores, em 2001 com o Cruz Azul, em 2010 com o Guadalajara e em 2015 com o Tigres UANL, mas nenhum deles conquistou o título. Com a desistência dos mexicanos, a CONMEBOL ampliou novamente o número de participantes da Libertadores, de 44 para 47. Assim, foi criada mais uma fase preliminar com clubes de Bolívia, Equador, Paraguai, Peru, Uruguai e Venezuela, que ganharam mais uma vaga cada um.[1]
Além disso, dez times eliminados na competição foram transferidos para a Copa Sul-Americana do mesmo ano – o terceiro colocado de cada grupo, somados aos dois melhores times eliminados na terceira fase preliminar[10] – sendo que esta competição passou a ser disputada entre julho e dezembro por esses dez e mais 22 times.[11] Além do atual campeão do torneio, o campeão da Copa Sul-Americana passou a ter vaga direta a fase de grupos, sem passar pelas três primeiras fases.[11]
A competição iniciou-se em janeiro, com a disputa da primeira fase por seis times, que disputaram três vagas em jogos eliminatórios de ida e volta. Estas três equipes passaram a disputar com mais 13 equipes a segunda fase, na qual foram destinadas oito vagas para a próxima fase, em jogos de ida e volta. As oito equipes restantes disputaram quatro partidas de ida e volta, sendo destinadas quatro vagas para a fase de grupos. Durante estas três fases, em caso de empate no placar agregado, a regra do gol fora de casa seria considerada e, persistindo a igualdade, a vaga seria definida na disputa por pênaltis. Todos os confrontos foram definidos por sorteio.[12]
Na fase de grupos, as equipes foram separadas por um sorteio, realizado no dia 21 de dezembro em Luque. Este sorteio determinou a posição das 28 equipes mais as quatro equipes classificadas da terceira fase em oito grupos. As partidas foram disputadas no formato de todos contra todos e turno e returno, totalizando seis partidas por equipe. Classificaram-se para a fase final as duas melhores equipes de cada grupo. Em caso de empate na classificação final, seriam adotados os seguintes critérios:[12]
Para as oitavas de final, outro sorteio foi realizado, onde os primeiros colocados enfrentariam os segundos colocados de cada grupo. Para as oitavas, quartas, semifinais e final, foram realizada partidas de ida e volta, onde o mando de campo do segundo jogo seria da equipe com melhor desempenho na fase de grupos. Nestas fases, exceto na final, assim como nas três primeiras, em caso de empate no placar agregado, a regra do gol fora de casa seria considerada e, persistindo a igualdade, a vaga seria definida na disputa por pênaltis. Na final, em caso de igualdade no placar, o campeão seria definido diretamente na disputa por pênaltis.[13]
Seguindo o ranking de clubes da CONMEBOL, a distribuição das equipes através dos potes se deu da seguinte maneira (entre parênteses a posição do clube no ranking):[27]
A primeira fase foi disputada por seis equipes provenientes de Bolívia, Equador, Paraguai, Peru, Uruguai e Venezuela, em partidas eliminatórias de ida e volta. Em caso de empate no placar agregado, a regra do gol fora de casa seria considerada e, persistindo a igualdade, a vaga seria definida na disputa por pênaltis. Os confrontos desta fase foram definidos através de sorteio.[28]
A segunda fase foi disputada por 16 equipes, sendo 13 delas provenientes de Argentina, Bolívia, Brasil, Chile, Colômbia, Equador, Paraguai, Peru, Uruguai e Venezuela, mais os três vencedores da fase anterior, em partidas eliminatórias de ida e volta. Em caso de empate no placar agregado, a regra do gol fora de casa seria considerada e, persistindo a igualdade, a vaga seria definida na disputa por pênaltis. Os confrontos desta fase foram definidos através de sorteio.[28]
A terceira fase foi disputada pelas oito equipes vencedoras da fase anterior, com o caminho predefinido entre a primeira e a última chave, assim, sucessivamente, em partidas eliminatórias de ida e volta. Em caso de empate no placar agregado, a regra do gol fora de casa seria considerada e, persistindo a igualdade, a vaga seria definida na disputa por pênaltis. Os vencedores da cada confronto classificaram-se à fase de grupos.[28]
As duas melhores equipes entre as derrotadas na terceira fase foram transferidas para a segunda fase da Copa Sul-Americana 2017. Apenas partidas disputadas na terceira fase foram contabilizadas para este ranking.[28]
Os vencedores e os segundos classificados de cada grupo avançaram para as oitavas de final, enquanto os terceiros colocados foram transferidos para a Copa Sul-Americana de 2017.[28]
Após a definição das equipes classificadas da fase de grupos, o sorteio que definiu o chaveamento das oitavas de final até a final foi realizado em 14 de junho no Centro de Convenções da CONMEBOL em Luque, no Paraguai.[29] Até a edição passada, os cruzamentos já eram predefinidos através da pontuação obtida na fase anterior. Agora, essa pontuação serve apenas para a definição dos mandos de campo até a final, com as equipes melhores posicionadas sempre realizando o jogo de volta como local.[30]
Oficialmente a CONMEBOL não reconhece uma classificação geral de participantes na Copa Libertadores. A tabela a seguir classifica as equipes de acordo com a fase alcançada e considerando os critérios de desempate.[47]
A.^ Foi atribuída a vitória por 3–0 ao Lanús devido ao uso de jogador irregular pela Chapecoense. Originalmente a partida terminou em 2–1 para os visitantes.[48]